大麥(學(xué)名:Hordeum vulgare L.),俗稱(chēng)三月黃,禾本科植物,是一種主要的糧食和飼料作物,也是釀造啤酒的主要原料。作為工農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的重要谷類(lèi)作物,其總產(chǎn)量排在玉米、水稻、小麥之后列第4位,種植面積約達(dá)53萬(wàn)平方公里,在我國(guó)也曾是栽培面積達(dá)一億畝以上的重要農(nóng)作物之一。
大麥?zhǔn)堑谝粋€(gè)被馴化的谷類(lèi)作物,因其早熟和高度抗逆性(包括耐寒、耐旱、耐鹽堿等)而在世界范圍內(nèi)廣泛種植。其二倍體特性使其成為麥類(lèi)作物基因組研究的重要材料。經(jīng)過(guò)基因測(cè)序,大麥基因組全長(zhǎng)5.1 Gb,約為水稻基因組的11倍,幾乎是人類(lèi)基因組的兩倍。2017年4月27日,Nature期刊以Article的文章形式題為“A chromosome conformation capture ordered sequence of the barley genome”(論文鏈接:http://dx.doi.org/10.1038/nature22043)公布了國(guó)際大麥測(cè)序聯(lián)盟(IBSC)在大麥基因組精細(xì)圖譜研究上取得的重大研究成果,該文被列為自然雜志當(dāng)期的封面文章,張國(guó)平教授團(tuán)隊(duì)參與完成的大麥基因組研究成果,為該論文的共同通訊作者。
隨著大麥基因組的不斷深入研究,科學(xué)家們針對(duì)大麥優(yōu)良基因的遺傳改良從未停止,因?yàn)楸硇鸵约氨硇徒M學(xué)技術(shù)的逐漸成熟,越來(lái)越多的課題研究組在現(xiàn)有的分子生物學(xué)、遺傳學(xué)等技術(shù)基礎(chǔ)之上,采用了更為先進(jìn)的方法,更高效的對(duì)大麥的表型或者性狀進(jìn)行研究與分析。Christian Klukas課題組在德國(guó)著名的研究機(jī)構(gòu)—植物遺傳與作物植物研究所(IPK)的萊布尼茨研究所,利用高通量的表型平臺(tái)進(jìn)行了大麥的表型以及生理的研究。大麥在干旱條件下(見(jiàn)下圖),其株高會(huì)降低、分蘗數(shù)減少,而復(fù)水處理之后,其株高、分蘗數(shù)表型會(huì)得到明顯的回復(fù),利用表型平臺(tái)的成像數(shù)據(jù),在這篇研究文章中,大家可以明顯看到干旱和復(fù)水處理之后,不同時(shí)期的表型成像分析:在可見(jiàn)光成像下,進(jìn)行植株高度及其動(dòng)態(tài)變化、生物量及有效分蘗數(shù)的分析;在近紅外成像下,觀(guān)測(cè)植株含水分布情況;在熒光成像下,監(jiān)測(cè)植株的生理變化。該工作發(fā)表在植物學(xué)領(lǐng)域的著名期刊 The Plant Cell上。
文獻(xiàn)來(lái)源:Dijun Chen, Christian Klukasa et al., The Plant Cell(2014)
文獻(xiàn)來(lái)源:Dijun Chen, Christian Klukasa et al., The Plant Cell(2014)
利用高通量的表型平臺(tái),大麥的許多參數(shù)都可以得到很好的測(cè)定與分析,小編為大家小結(jié)不同研究領(lǐng)域的主要參數(shù)類(lèi)型,如下:
大麥株型研究領(lǐng)域重點(diǎn)關(guān)注的參數(shù):植物冠層寬度、垂直高度、緊密度、對(duì)稱(chēng)性、投影葉面積、空間體積、植物結(jié)構(gòu)、葉角度、節(jié)間長(zhǎng)度。
大麥對(duì)生物脅迫反應(yīng)的領(lǐng)域重點(diǎn)關(guān)注的參數(shù):垂直高度、投影葉面積、空間體積、葉顏色、葉病斑、植物結(jié)構(gòu)、葉角度、節(jié)間長(zhǎng)度。
大麥對(duì)非生物脅迫反應(yīng)的領(lǐng)域重點(diǎn)關(guān)注的參數(shù):整株相對(duì)含水量分布、植物結(jié)構(gòu)、葉角度、節(jié)間長(zhǎng)度、葉長(zhǎng)、垂直高度、投影葉面積、空間體積、葉顏色、投影葉面積、空間體積。
大麥產(chǎn)量研究領(lǐng)域重點(diǎn)關(guān)注的參數(shù):植物冠層寬度、垂直高度、空間體積(生物量)等。
除此之外,還有更多的種子選育技術(shù),可以進(jìn)一步對(duì)大麥種子進(jìn)行成熟度檢測(cè)、性狀檢測(cè)。
背景資料:
? LemnaTec表型平臺(tái)
上述文章中的課題組進(jìn)行圖像采集與分析,主要使用的是LemnaTec的表型成像平臺(tái)—Greenhouse Scanalyzer 3D。如下圖,LemanTec完全可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求,進(jìn)行定制化的設(shè)計(jì)與生產(chǎn)。
? 德國(guó)IPK研究所
萊布尼茲植物遺傳與作物植物研究所(IPK)是非營(yíng)利性研究機(jī)構(gòu),也是威廉·萊布尼茲協(xié)會(huì)(WGL)的成員。該研究所是德國(guó)中部生物技術(shù)園區(qū)加泰派生的發(fā)起者和中心。
作為國(guó)際知名的植物研究中心,IPK重點(diǎn)關(guān)注基礎(chǔ)和應(yīng)用領(lǐng)域的現(xiàn)代生物學(xué)問(wèn)題,重點(diǎn)研究栽培植物。 研究領(lǐng)域包括:
? 植物遺傳資源的管理,分析和演變
? 細(xì)胞和分子基因組分析
? 分子與發(fā)育生理學(xué)
? 應(yīng)用生理學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)
IPK的核心研究問(wèn)題是研究野生和栽培植物的遺傳多樣性,目的在農(nóng)業(yè)部門(mén)更有效和更廣泛地利用這些方法和植物材料,而且進(jìn)一步開(kāi)發(fā)新的改進(jìn)的生物材料。IPK的表型圖像分析的課題組,做了不少關(guān)于玉米、擬南芥等植物的表型研究,下面是他們近兩年發(fā)表的文章。(來(lái)源:http://www.ipk-gatersleben.de/en/molecular-genetics/image-analysis/publications/)